尽管成本费用率有所下降，但煤炭物流发展方式粗放，集约化、现代化物流程度不高，物流运力瓶颈约束较大，影响了我国煤炭物流效率的提升。
一是缺乏煤炭供应链一体化思路。现代工业强调生产和流通二者并重，而我国煤炭产业受 “重生产、轻流通”思想的影响，许多企业没有意识到在低利润、高成本条件下，物流作为“第三利润源”所能产生的巨大作用，物流部门仍从属于生产部门。此外，生产、流通以及消费企业之间没有形成一体化的供应链体系，面对市场波动，产供销难以协调一致，流通环节蓄水池的调节作用消失导致库存成本上升。2011年我国煤炭行业存货增长33.8%，高于工业整体水平，库存成本占比达到40%，比工业整体水平高5个百分点。
二是物流管理体制制约煤炭物流发展。煤炭物流涉及地区广，部门多，在地区分管、部门分割的管理体制下，煤炭物流难以形成相对集中的运作方式，煤炭物流供应链难以发挥规模化、网络化、集约化优势，制约了现代物流在煤炭产业中的应用。同时，煤炭市场管理上存在的寻租、设租行为，也增加了煤炭物流的隐形成本。
三是煤炭物流的现代化、信息化程度低。煤炭企业虽然建立现代企业制度，但部分企业内部的物流活动仍是靠组织内部自我服务，将优秀的第三方物流企业拒之门外，煤炭物流管理方式落后、物流系统粗放，难以适应社会化物流的要求。此外，物流信息化程度偏低，信息技术管理手段和水平落后，产品信息、库存资源的不能共享，物流信息传递失真，造成煤炭物流货物损耗，无形中增加成本。
四是基础设施难以满足煤炭现代物流需求。目前，我国煤炭铁路大通道正逐步建立，但从短期来看铁路增量不大、新投产港口新增有效运力有限，运力与煤炭消费地需求不匹配的问题依然存在。大量煤炭以铁路-水运-公路多次转运，大迂回运输才能完成物流过程，提高了煤炭物流的单位成本，据中国物流信息中心测算，以“三西”地区至华中地区为例，煤炭铁路直达方式的物流单位成本仅为141.4元/吨，而铁水联运则高达303.9元/吨。
煤炭产业关乎国计民生，而物流则是影响煤炭市场的关键环节，如何通过现代物流管理手段提高煤炭物流的规模化、专业化、信息化以及一体化以降低物流费用、提高运营效率对物流业及煤炭行业的发展有着重要的现实意义。因此，建议：
一是要按照“煤炭工业十二五”规划要求，落实“发展现代煤炭物流，建立煤炭应急储备体系”的发展目标，加快建立社会化、专业化、信息化的现代煤炭物流服务体系，提高煤炭物流效率，降低煤炭物流成本，加快建立全国煤炭应急储备体系，提高应急保障能力。
二是完善管理体制。发挥市场在资源配置中的基础性作用，完善铁路煤运管理体制，组成铁路部门集路、站、运、港统筹一体的协调格局，实现各运输环节的高效衔接;鼓励煤炭物流企业按照现代物流管理模式进行调整和重组，培育大型优秀物流企业，增加综合性、集成化的现代物流企业比重。
