受多种因素影响，我国现行煤炭行业管理体制与机制依然存在诸多矛盾与问题。这些矛盾与问题的存在，是造成我国煤炭行业目前面临的各种突出问题的深层次原因，并严重制约着煤炭行业的可持续发展。当前煤炭行业所出现的各种问题，有着深刻的体制与机制烙印。 

　　对煤炭在我国能源格局中的主体地位认识不足

　　由于长期以来对我国能源战略基本定位与煤炭产业在我国能源格局中的基础地位缺乏清醒的认识，引起煤炭行业管理机构与其它能源行业管理机构分分合合，煤炭行业管理机构行政级别升升降降，产业政策时而鼓励，时而限制。体制与机构的频繁变动，使煤炭行业总体发展战略与管理机制缺乏必要的长期性与稳定性，产业规模随着社会经济发展的现实需求变化被动调整，许多影响行业健康发展的重大问题得不到有效解决。

　　同时，由于缺乏统一规划，行业间改革与发展严重不平衡。1998年撤销煤炭部后，煤炭行业就开始大面积实施市场化改革，2001年国家煤炭局撤销后，煤炭行业全面按照市场规律来运行，而与煤炭紧密相关的电力、铁路行业市场化改革明显滞后，由此，煤炭行业在煤电、煤运博弈中处于比较劣势，煤炭价格形成机制长期存在缺陷，损害了煤炭行业的利益，制约了煤炭行业的健康发展。

　　多头管理造成煤炭行业管理职能明显弱化

　　目前，我国煤炭行业管理是一种低级别的分散管理模式。由于缺乏相对统一与明确的能源与煤炭行业发展主导方向为指导，部门间缺乏有效的协调机制。统筹协调机制不健全及部门本位主义的存在使不同部门出台的各项管理举措不能协调统一，甚至相互矛盾与抵消。如国土资源部门管理资源的探矿权和采矿权设置与煤炭行业行政主管部门制定的煤炭开发规划不衔接，运煤通道建设与煤炭运输需求不匹配，煤炭资源开发与环境生态保护不适应，煤矿安全监察机构负责实施国家监察的职责与煤炭行业管理部门负责行业安全监督管理的职责难以划清等等。

　　煤炭行业多头管理还造成煤炭行业管理职能明显弱化，产生了许多不良后果。如煤炭产业总体战略规划制定和政策法规体系建设，煤炭资源的统筹开发和有序利用，生态环境恢复治理以及减轻煤炭企业社会负担，煤炭与其它能源之间的协调供应等一系列涉及煤炭行业可持续发展的重大问题，因行业管理职能弱化而迟迟得不到解决与落实。此外，管理部门无法对煤矿关键性技术和重大装备的研发统筹兼顾和宏观指导，制定出煤炭产业相关的技术发展规划，构建相关的技术创新保障体系，开展必要的国际技术交流与合作。

　　缺乏统一、权威、高效的煤炭综合管理部门

　　我国煤矿量多面广，大、中、小煤矿并存，不同类型煤矿条件差异较大，管理任务繁重，而在中央层面没有一个统一、权威性强、高效的煤炭综合管理部门，煤炭宏观管理体制不健全。目前，国家发改委能源局煤炭司承担煤炭行业管理职能，负责近三万家大中小煤矿，从业人员达500万人的具有能源主体地位的高危行业的专业管理，层级低，人员少，难以实现对行业的有效管理。2006年7月国务院将五项煤炭行业管理职能划归安监总局，虽然是为发挥安监总局在煤炭行业管理方面的内在优势，同时也是在煤炭生产安全压力下强化安全管理效能的一种无奈之举。另一方面，在当前分散管理，多头决策的情况下，煤炭行业专业管理机构难以有效地进行协调与整合。面对供求矛盾突出、煤炭资源配置无序、过度竞争与区域垄断并存等一系列问题，总体上显得管理乏术，协调乏力。

　　中央与地方纵向管理体制与权利关系有待理顺

　　在煤炭部撤销后，原所属的各地煤炭工业局多数相应撤销，相应职能也划归地方各部门，造成上下统一的完整的垂直管理体系解体。全国27个产煤省虽然也设置了煤炭行业管理部门，但情况五花八门。有的为经贸委(经委、国资委)内设机构管理的二级局或处，有的是在省发改委内设机构管理，也有是在工业办公室的。这些煤炭行业管理部门虽有机构，但除少数省份外，大多数人员编制不足，经费短缺，权力档次低，难以实施有效的行业管理，管理职能大大弱化，使国家有关资源管理与开发、产业发展、技术进步、安全管理、环境保护、企业重组等多项政策难以全面落实。

　　此外，一些省区以行政手段推动煤炭产业全面重组，形成区域内的垄断，导致优势煤炭企业市场化的跨地区兼并重组进展缓慢。从全国范围看，这种以行政区划为单位的煤炭企业重组不仅不能从根本上提升煤炭产业集中度，反而会阻碍优势企业对煤炭资源的整合，形成不公平竞争与恶性竞争。